O formato de escola cívico-militar existe no Brasil desde os anos 1990, mas foi no governo Jair Bolsonaro (PL) que se tornou um dos pilares do MEC, ganhando uma secretaria responsável pelas unidades.
O modelo, como o nome sugere, conta com uma gestão compartilhada entre pastas da Educação e da Segurança Pública.
Bolsonaro instituiu o Pecim (Programa de Escolas Cívico-Militares) em 2019, numa parceria entre o MEC e o Ministério da Defesa. O programa foi uma promessa da campanha de 2018.